2001年から導入された形式。中央線や房総地区で使用されていた183系などの置き換えを目的として導入された。E653系などで用いたアルミ合金製を採用。
5500番台は500番台を波動輸送用に改造した車両。カラーリングを緑と白を基調としたものに変更し、機器更新などが行われた。
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